Il comune presenta diversi ecosistemi, fitte alte foreste, fitte foreste basse, passando per savane, paludi e lagune intermittenti, con l'ecosistema delle zone umide che è il più rappresentativo della regione.
Lago del Nicaragua
La fauna della zona presenta una grande diversità di uccelli, i più noti sono aironi, anatre e martin pescatore; anche altre specie come: cuajipal, lucertola nera, tartarughe, iguane, garrobo, camaleonti, lucertole e serpenti.
Nei mammiferi i più rappresentativi sono i cervi, i cinghiali, i cusucos, i cinghiali, i vagabondi, le scimmie urlatrici, i bradipi, i formichieri, le lontre o i cani d'acqua, gli agouti, i pipistrelli; Si trovano anche giaguari. Data la presenza di paludi, fiumi e del lago Cocibolca, i pesci sono particolarmente esuberanti, trovando specie come gaspares, guapotes, mojarras, guabinas, snooks, machacas, grunts e tilapie.
L'uso del suolo è prevalentemente orientato all'attività agricola, lavoro a cui la maggior parte della popolazione si dedica, sfruttando una diversificazione delle colture come i cereali di base (mais, riso, fagioli), e le colture perenni (cacao, arancia, musaceae). , questa attività agricola è così importante da rappresentare il settore primario del comune. La seconda attività più importante del comune è l'allevamento.
Nel comune il clima predominante è la giungla monsonica tropicale, che copre quasi l'intero comune, il clima della giungla tropicale si trova in una proporzione molto ridotta.
San Carlos è un comune abbastanza umido, con una piovosità massima di 2,400 mm. e una piovosità minima di 2,000 mm., distribuita su un periodo di nove mesi che va da maggio a gennaio e il periodo estivo è di tre mesi.
San Carlos ha un'idrografia molto dinamica, le sue risorse idriche superficiali sono abbondanti, in particolare per la presenza del Lago Cocibolca, tra i principali fiumi abbiamo il Río San Juan, a sud del comune e nella regione settentrionale, gli affluenti della sponda sinistra di detto fiume, tra i quali spiccano: Melchora, Medio Queso, Palo de Arco, Pizote, Viejo, Papaturro, Saíno, Zapote, Río Frío ed Estero Boca Negra.
Rifugio Faunistico Los Guatuzos-Papaturro
L'arcipelago del Solentiname con un'estensione di 190 km2, è composta da 36 isole o isolotti abitati da un'abbondante natura selvaggia, le principali per dimensioni e numero di abitanti sono: l'isola di San Fernando e l'isola di La Venada, l'isola di Mancarroncito e Mancarrón, quest'ultima la più grande per estensione territoriale. e dove si trova la Chiesa "Nuestra Señora de Solentiname", fondata da Padre Ernesto Cardenal. L'arcipelago si trova a 25 km. Ad ovest del comune di San Carlos, esattamente sulle acque del lago Cocibolca, ci si arriva prendendo un battello che parte da San Carlos e il viaggio dura 45 minuti.
Un'altra delle isole riconosciute per essere l'habitat e l'unico posto nell'arcipelago dove si trovano branchi di scimmie urlatrici è El Padre Island o Los Monos Islands. Un luogo ideale per il birdwatching è l'isola di Zapote, conosciuta anche come Isla de los Pájaros per la varietà di specie di uccelli che la abitano.
Rifugio Faunistico Guatuzos-Papaturro È stata dichiarata la prima zona umida di importanza mondiale in Nicaragua come sito RAMSAR, ospita un gran numero di specie di flora e fauna, ha un centro ecologico e un rifugio comunitario, grazie alla sua grande biodiversità selvaggia si possono fare sentieri, dove visiterai un allevamento di farfalle, un allevamento di tartarughe e un allevamento di alligatori. Si trova sulla costa sud del lago, sulle rive del fiume Papaturro, a 45 km. di San Carlos.
Rio frio: Il Rio Frio fa parte del Rifugio Faunistico Los Guatuzos, da San Carlos si possono fare tour interpretativi in barca o in kayak, per osservare uccelli, scimmie, iguane, tartarughe.
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