La flora di questo sistema è una delle più ricche, spiccano il cedro maschio, l'alloro, il mogano, il mandorlo, il caucciù e la quercia. Alberi da frutto di cocco, nespolo, icacos, albero del pane, pejibaye, castagno, musaceae (platani, banane), tuberi e radici.
La fauna, come la flora, è una delle più ricche e con una diversità non ancora accuratamente documentata, tra le specie più emblematiche ci sono il gaspar, il branzino, il russatore, il lucertola, il guajipal, il mojarras, le tartarughe, il guapotes, il laguneros, pesce sega, tarpon reale, machaca, sardine e tilapia.
Tra il gruppo di uccelli ci sono l'ara scarlatta e verde, pappagalli dalla nuca blu, pappagalli, chocoyos, tucani, guinzagli, sparviere, re delle poiane, aironi, aironi, martín peña, chachalacas, tacchini, curassows, quaglie, guises, zenzontles , guardia anfratti, falegnami; e tra i rettili spiccano le iguane nere e verdi, i garrobo, i serpenti di velluto, i coralli, le vipere sanguinarie, le rane e altri anfibi di molteplici specie.
E per quanto riguarda i mammiferi, il comune ha cervi, guille, cinghiali, cusuco, conigli, ocelot, leoni, calpestando, procioni, gatti di montagna, scoiattoli, volpi, puzzole e il più emblematico di tutti, il lamantino che rischia di estinzione. Il comune fa parte del Río San Juan Wildlife Refuge, che è stato anche riconosciuto come sito RAMSAR n. 1138 nel 2001.
Il clima predominante è la giungla tropicale, caratterizzata da un clima umido, con temperature massime di 32°C e minime di 22°C. Le precipitazioni variano tra 4,000 e 6,000 mm, caratterizzate da una buona distribuzione durante tutto l'anno. San Juan del Norte ha all'interno della sua pianura la foresta tropicale molto umida, che si caratterizza per essere densa e sempreverde, multitrafficata e con gigantesche liane.
Le principali attrazioni naturali del comune sono: Riserva Biologica Indio-Maíz, una delle riserve meglio conservate del Nicaragua, ha un'estensione di 3,180 km2 dove ospita una varietà di specie di uccelli, in cui spiccano il tucano, le patelle e i pappagalli, ospita anche le tre specie di scimmie che esistono nel paese: scimmia dalla faccia bianca, scimmia urlatrice e scimmia ragno; qui puoi immergerti nella giungla e fare passeggiate guidate dalla comunità rama che è l'unica a conoscere bene questo territorio, quella che ti offre alloggio se vuoi stare nella riserva.
il fiume indiano Attraversa gran parte della riserva, qui puoi ammirare le sue acque cristalline, fare un tuffo e osservare una grande varietà di fauna che si trova nei suoi dintorni, è una vera esperienza. Si trova all'estremità orientale della città di Greytown e se sei fortunato vedrai un lamantino sulla riva del fiume.
Conosco il Zone umide di San Juan de Nicaragua, Hanno un alto livello di endemismo circondati da flora e fauna diversificata, che consente l'ammirazione di queste specie e scenari meravigliosi praticamente invariati.
La costa caraibica dove scorrono i fiumi Indio e San Juan, sulla sua spiaggia si possono incontrare embrioni, tori e tartarughe verdi, soprattutto nei mesi da giugno ad agosto, periodo in cui si registrano arrivi massicci. Puoi riposare sulla sua sabbia e contemplare il paesaggio.
La Laguna Blu È uno specchio d'acqua dolce dove puoi fare un tuffo rinfrescante. È molto visitato nei fine settimana ea Pasqua dai suoi abitanti, qui condividerai con la gente del posto, godrai delle sue fresche acque e assaggerai i suoi pasti. Situato a 500 metri dal paese.
Puoi anche vedere la vegetazione delle paludi, che si trova in aree scarsamente drenate lungo il fiume San Juan e nel corso inferiore del fiume Indio. La vegetazione predominante è la lattuga d'acqua, che funge da nutrimento per alcune specie acquatiche come guapotes e chacaline, c'è anche abbondanza di palme, principalmente yolillo.
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